La chiesa di Santa Margherita, dedicata alla Martire Margherita d’Antiochia il cui culto giunse in Sardegna durante l’età bizantina. era la chiesa principale della villa di Magar. Fu edificata intorno alla metà del XIII secolo, probabilmente su un preesistente edificio, durante il periodo di massima espansione del villaggio. Era a navata unica con abside ed un elegante campanile a vela.
Sino alla metà degli anni ’80 del ‘900 si poteva ancora ammirare la facciata, assieme a resti dell’abside e dei muri perimetrali. Alla fine del 1990 è crollata la metà sinistra della facciata, mentre tutto il resto si è ridotto ad un cumulo informe di macerie. La facciata era impreziosita da archeggiature trilobate o a doppia ghiera (alcune a sesto acuto) con mensole a decori fito-antropomorfi.
