La costruzione della chiesa, inizialmente dedicata a Santa Rosalia, viene fatta risalire alla prima metà del XVII secolo per opera di un nobile algherese, don Carlos Marti’ Boyl, come cappella annessa alle proprietà di famiglia. La sua precedente intitolazione a Santa Rosalia di Palermo si deve alla precedente permanenza in terra siciliana del fondatore. Nel 1792, accanto alla cappella gentilizia, sorse il primo nucleo di un convento di frati Cappuccini, forse ad opera dell’ingegnere militare piemontese De Vincenti.
L’impianto dell’edificio di culto è costituito da una pianta mononavata a croce latina. All’interno è ospitato il simulacro ligneo policromo di San Pasquale Baylon, proveniente da Palazzo Simon e risalente alla fine del XVIII – primi del XIX secolo. L’altare maggiore, in stucco marmorizzato policromo, trova confronti negli altari della chiesa di S. Michele, eretti nel 1678 da artisti di estrazione lombarda. Il manufatto accoglie nella nicchia centrale l’ottocentesco simulacro ligneo policromato di S. Giovanni Battista.
La chiesa era sede anticamente di una solenne festa che si celebrava il 24 giugno (Festa Liturgica della Natività di San Giovanni Battista) con sentita partecipazione della cittadinanza e rituali propiziatori, poi scomparsa intorno agli anni Cinquanta del secolo scorso e ripresa dalla pro loco San Giovanni intorno al 2010.
