La chiesa è situata nel quartiere di Marina e si affaccia sul porto antistante; infatti era anche detta San Francesco al Molo. Eretta nel XVII secolo, è officiata dai frati dell’Ordine dei padri minimi.
L’edificio e in particolare il prospetto sono il frutto di rimaneggiamenti successivi; nel 1926 la facciata viene demolita e ricostruita in stile neoclassico nel 1932 su progetto dell’ingegnere Ferraro. Il prospetto, ultimato da timpano dentellato con lo stemma dell’Ordine, è distinto in due ordini. Nell’ordine inferiore si apre un portico a tre fornici allineato a quelli dei palazzi limitrofi; mentre il superiore è tripartito da semicolonne con capitelli corinzi ed accoglie negli specchi laterali due nicchie e in quello centrale un finestrone quadrangolare con finto balconcino.
L’interno è costituito da un’unica navata voltata a botte con presbiterio sopraelevato su cripta, destinata alla sepoltura dei frati. Nelle nicchie laterali sono collocati: il barocco retablo di San Michele e il coevo retablo di San Giuseppe. Quest’ultimo in legno intagliato dipinto e dorato, possiede una nicchia centrale, inquadrata dalle due coppie di colonne tortili ai lati e da una cornice con decorazione floreale, che racchiude una statua di piccole dimensioni della Madonna in trono con Bambino (XVI). Nell’attico, tra le volute, l’altare ospita la tela della Vergine che consegna il rosario a San Domenico, di Sebastiano Scaletta. L’opera fu commissionata da Domenico Brunengo, conte di Monteleone, all’intagliatore Eusebio Putzu nel 1747.
L’altare maggiore in marmi policromi è invece opera del lombardo Giovanni Battista Spazzi, ed espone nella nicchia centrale il simulacro ligneo raffigurante san Francesco di Paola.