Inaugurato nel 2001, il Museo è gestito dall’Associazione Mineralogica Paleontologica Naturalistica intitolata a Giovanni Cesaraccio, un naturalista maddalenino che è stato, nella sua breve vita, maestro per una generazione di giovani. La sua esperienza, schiva e discreta, improntata al grande amore per la natura, ha contribuito a rafforzare e diffondere la sensibilità ambientale e a sviluppare molte iniziative di ricerca e di studio.
L’edificio venne realizzato nella prima metà del Novecento. Inizialmente era una caserma nella quale soggiornarono, tra gli altri, i militari del 59° Reggimento Fanteria Calabria. Si struttura essenzialmente in due grandi sale nelle quali sono esposti campioni di rocce, minerali, fossili, sabbie di spiaggia, conchiglie, flora e fauna marina. I materiali provengono per la gran parte da numerose località del territorio del Parco.
Tra il materiale esposto possiamo elencare: giganteschi gruppi di cristalli di quarzo affumicato (sino a 150 kg e 65 cm di lunghezza) provenienti dal settore nord orientale dell’isola di Caprera che prende il nome di Punta Crucitta; uno spaccato di cava di granito con attrezzi da lavoro; una piccola collezione di rocce e di meteoriti provenienti da numerose località mondiali.