Il museo deve il suo nome all’omonimo imprenditore e politico che nel 1878 destinò alla città di Sassari la sua preziosa collezione archeologica e artistica a condizione che il Municipio costituisse un apposito museo. Questa rappresenta il nucleo di partenza del museo attuale insieme ai reperti dei primi scavi avviati a Porto Torres. Dal 1958 la collezione si è arricchita di reperti risalenti a ricerche e scavi della Soprintendenza per i Beni archeologici e da numerose donazioni private. La raccolta artistica di Giovanni Sanna dal 2011 si trova alla Pinacoteca nazionale di Sassari. L’edificio, realizzato tra 1926 e 1932 su progetto dell’architetto Michele Busiri Vici, è in stile neoclassico e rievoca la tipologia del tempio sopraelevato, con colonne doriche e timpano, tipico delle prime costruzioni museali. Il museo negli anni Settanta è stato ampliato e rinnovato da Ercole Contu. La collezione si compone attualmente di due sezioni principali: archeologica ed etnografica.
Il settore archeologico, con le sue numerose sale, narra cronologicamente le fasi del popolamento umano nei territori di Sassari, Nuoro, Gallura ed Ogliastra a partire dal Paleolitico inferiore fino all’epoca medievale. Il percorso inizia con le culture preistoriche sarde e l’esposizione di frammenti fossili, risalenti al Miocene e provenienti dalle foreste dell’Anglona, e prosegue con i reperti dal Paleolitico all’età del Neolitico testimoniata da ceramiche, bracciali, collane, vasi in pietra e statuine della Dea Madre. Più avanti, lo spazio dedicato a Monte d’Accoddi svela la vita quotidiana che si svolgeva attorno all’altare. L’esposizione continua con i reperti ceramici e metallici rinvenuti dagli ipogei dell’Età del Rame e del Bronzo. Il museo tramite calchi, plastici e riproduzioni svolge una funzione didattica e riesce a comunicare con i suoi visitatori. La sala dedicata alla Civiltà Nuragica ospita una cospicua raccolta proveniente da contesti abitativi, cultuali e funerari: spiccano i manufatti bronzei d’uso corrente quali asce, scalpelli, monili e bronzetti, raffiguranti uomini e animali. Il periodo fenicio-punico è illustrato da anfore e vasellame da mensa, cippi e stele funerarie, monili in oro e pietre dure, scarabei, terrecotte figurate, rasoi bronzei, lucerne. La sala dedicata alla Civiltà Romana ospita i reperti provenienti da Porto Torres, un’antica colonia romana. Nel 2000 è stata inaugurata l’esposizione medievale e moderna che offre un quadro significativo sulla vita della Sardegna dall’Alto Medioevo all’Età Moderna. La sezione archeologica è temporaneamente chiusa al pubblico per lavori di ristrutturazione e allestimento.
La sezione etnografica è la più antica presente in Sardegna: raccoglie tessuti, gioielli, canestri, abiti e arredi e altre testimonianze della vita quotidiana nell’Isola che documentano la “cultura materiale”, le tradizioni e l’arte della Sardegna centro-settentrionale degli ultimi tre secoli. Dal giugno 2021 a giugno 2022 il Padiglione etnografico ospita la mostra “Sulle tracce di Clemente” curata dal designer Antonio Marras.
Nella parte antistante l’ingresso è presente il giardino, con alberi d’alto fusto, residuo del parco che circondava la palazzina neoclassica, nucleo originario del Museo, all’epoca della costruzione.