La cripta di Santa Restituta si trova accanto all’omonima chiesa. Ebbe differenti utilizzi nel corso della storia. In età tardo-punica era una cava di blocchi di calcare; successivamente divenne luogo di culto. Fino al I secolo d.C. venne utilizzata come deposito di anfore. Fu poi abbandonata per ben dodici secoli, prima di tornare ad essere luogo di culto. Seguì un altro periodo di abbandono, causato dalla maggior frequentazione delle vicine nuove chiese di Sant’Anna e San Francesco. Agli inizi del Seicento l’ipogeo fu riscoperto e svuotato del materiale che lo aveva riempito nel corso del tempo.
La cripta è costituita da un grande ambiente centrale collegato con l’esterno da due scalinate scavate nella roccia. Le pareti erano decorate con dipinti, di cui si conserva soltanto la figura di San Giovanni Battista, datata al XIII secolo. Sull’altare maggiore è collocata la statua marmorea di Santa Restituta, mentre in quello minore stavano i simulacri delle Sante Giusta, Giustina ed Enedina.
In seguito al ritrovamento delle reliquie nel 1614, l’allora vescovo di Cagliari Francisco Desquivel ordinò dei lavori di abbellimento: il rialzamento dell’altare e la creazione di tre nicchie. Quella centrale ospitava le reliquie delle quattro Sante e la statua di Restituta. In quelle laterali, probabilmente, vi erano i simulacri di Eusebio, vescovo di Vercelli, e di Eusebia abbadessa. La cripta ospita una statua del Redentore in trono, mancante di testa e braccia, attribuibile al XIV secolo, la quale presenta tracce di pigmenti colorati. Sul medesimo lato si trova anche la cosiddetta schola Sanctae Restitutae, il luogo dove secondo la tradizione la Santa avrebbe impartito le lezioni ai fanciulli del quartiere.
Nel corso della seconda guerra mondiale i cagliaritani riutilizzarono l’ipogeo come rifugio dai bombardamenti e nascosero le reliquie della Santa nella chiesa di Sant’Anna. Se ne perse memoria fino al ritrovamento nel 1997, all’interno di un’urna recante un cartiglio che le identifica come reliquie di Santa Restituta.