La Biblioteca venne istituita nel 1764 con le “Costituzioni” per la riforma dell’Università di Cagliari. Fu aperta al pubblico nel 1792 nella Sala Settecentesca, al primo piano del nuovo palazzo dell’Università.
Il nucleo iniziale era costituito dai testi tratti dalla biblioteca privata del sovrano, da doni di personalità di rilievo come il ministro Bogino e dai fondi acquisiti dalla soppressione dell’Ordine dei gesuiti, tra cui la biblioteca privata del giurista cagliaritano Monserrato Rossellò. Vi confluirono anche le pubblicazioni degli stampatori del Regno e le opere stampate a Torino dalla Tipografia Regia. Nel corso dei decenni si arricchì di un numero sempre maggiore di volumi, grazie anche al contributo di illustri studiosi che si susseguirono alla direzione. Fra questi Domenico Alberto Azuni, Ludovico Baylle, Giovanni Spano e Pietro Martini.
La Biblioteca possiede oltre 700.000 unità bibliografiche. Sono custoditi più di seimila manoscritti e autografi, 238 incunaboli, più di cinquemila testate di giornali e riviste, edizioni del secolo XVI e 6500 fra disegni, stampe, carte geografiche e cartoline. Contiene la più vasta e completa raccolta di materiale bibliografico sardo e sulla Sardegna. Sono inoltre conservati oltre 15.000 documenti di supporto non cartaceo. Fra i manoscritti, rivestono particolare importanza i tre Condaghi di S. Maria di Bonarcado, di S. Nicola di Trullas e di S. Pietro di Sorres e un codice dantesco della Divina Commedia del XIV secolo.
La parte più antica e preziosa del patrimonio raro e di pregio è custodita nella Cappella dell’ex Seminario tridentino, al piano terra. Il locale presenta numerose decorazioni pittoriche a tempera che ne ornano il soffitto. La Cappella ospita anche il Gabinetto delle stampe, istituito nel 1946 per raccogliere incisioni di artisti sardi e intitolato ad Anna Marongiu Pernis. In questo spazio si organizzano spesso mostre temporanee e visite guidate.
